-         Giai đoạn 1 (1998 - 2002): Mục tiêu hợp tác trong giai đoạn này là nâng cao năng lực nghiên cứu và phòng chống bệnh sốt rét và bệnh sán dây/ấu trùng sán lợn ở Việt Nam.

-         Giai đoạn 2 (2003 - 2007): Trong giai đoạn này, hợp tác không chỉ khu trú ở Việt Nam mà còn mở rộng trên phạm vi khu vực Đông Nam Á. Vì vậy, ngoài hai đối tác "truyền thống" là Viện Sốt rét-KST-CT TƯ (Việt Nam) và Viện Y học Nhiệt đới Prince Leopold (Bỉ), còn có 3 đối tác khác tham gia dự án hợp tác là Trung tâm Phòng chống Sốt rét-Ký sinh trùng- Côn trùng Trung ương của Cam-pu-chia, Lào và Đại học Mahidol (Thái Lan). Mục tiêu hợp tác trong giai đoạn này là tăng cường và củng cố năng lực nghiên cứu và phòng chống bền vững bệnh sốt rét và bệnh sán dây/ấu trùng sán lợn ở khu vực Đông Nam Á.

Các đề tài khoa học trong khuôn khổ hợp tác Việt - Bỉ thực hiện trong thời gian qua tập trung nghiên cứu và đề xuất giải pháp nhằm góp phần giải quyết một số khó khăn trong phòng chống sốt rét và bệnh sán dây/ấu trùng sán lợn. Về sốt rét, đã tiến hành nghiên cứu đánh giá hiệu quả can thiệp, chi phí - hiệu quả, và các yếu tố văn hoá - xã hội liên quan đến sử dụng võng gắn lưới tẩm hoá chất diệt muỗi để phòng chống sốt rét rừng tại tỉnh Ninh Thuận. Đã tiến hành điều tra phân bố, mật độ, độ nhạy cảm với một số hoá chất diệt muỗi đã và đang sử dụng trong chương trình phòng chống sốt rét của các loài véc tơ tại 65 điểm thuộc 39 tỉnh trên phạm vi toàn quốc. Về bệnh sán dây/ấu trùng sán lợn: đã điều tra tỷ lệ nhiễm trong cộng đồng và các yếu tố nguy cơ tại một số địa phương thuộc tỉnh Bắc Giang. Đồng thời áp dụng kỹ thuật ELISA để chẩn đoán người nhiễm sán dây/ấu trùng sán lợn và theo dõi hiệu quả điều trị của một số loại thuốc.

Trong khuôn khổ hợp tác Việt - Bỉ từ 1998 đến nay, phía Bỉ đã đào tạo cho Viện Sốt rét-KST-CT TƯ ở các cơ sở đào tạo tại Bỉ  1 tiến sỹ, 5 thạc sỹ. Có 9 cán bộ của Viện Sốt rét-KST-CT TƯ đã được thực tập kỹ thuật sinh học phân tử ứng dụng trong nghiên cứu ký sinh trùng sốt rét và muỗi Anopheles tại Viện Y học Nhiệt đới Prince Leopold (Bỉ). Một phần quan trọng trang thiết bị, hoá chất của phòng thí nghiệm Sinh hoá và Sinh học phân tử của Viện Sốt rét-KST-CT TƯ là do phía Bỉ tài trợ, và hiện tại hoạt động rất hiệu quả.